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El circuito de secuenciación genómica del SARS-COV-2 de Andalucía ha secuenciado ya más de 30.000 muestras del Covid, lo que ha permitido detectar e identificar la presencia de las variantes más comunes del coronavirus (Alfa, Beta, Delta, Ómicron, etcétera) y de 193 ... de sus linajes y sublinajes a lo largo de toda la pandemia. Eso ha supuesto contar con un registro epidemiológico extremadamente detallado que da cuenta del paso del virus por Andalucía.
Esta iniciativa se enmarca en la integración de la secuenciación genómica del SARS-CoV-2 en las tareas de vigilancia realizadas por el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía. Se trata de una red colaborativa estructurada para conocer cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han implantado, entre otros aspectos.
Además, gracias a la secuenciación genómica, se puede realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con variantes de otros países o localidades, lo que facilita detectar las introducciones de virus y las cadenas de transmisión.
Por su parte, el primer congreso de la Sociedad Andaluza de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas (SAMICEI), celebrado recientemente en Málaga, ha premiado como mejor comunicación el trabajo 'El circuito de secuenciación genómica del SARS-COV-2 de Andalucía', liderado por investigadores de la Plataforma de Medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud y en el que también participan profesionales de la Universidad de Granada; los hospitales universitarios Virgen del Rocío de Sevilla y Clínico San Cecilio de Granada; la Consejería de Salud y Consumo y el Servicio Andaluz de Salud.
En la comunicación premiada se describe el circuito estable y coordinado con el que cuenta Andalucía desde los inicios de la pandemia del Covid-19 para la secuenciación genómica de muestras de coronavirus, lo que ha permitido analizar, controlar y monitorizar en tiempo real las características del virus y su incidencia en la comunidad autónoma.
Este circuito, pionero en España, también ha sido destacado en una publicación científica como una iniciativa eficaz en el abordaje, no solo de la pandemia, sino ante nuevas pandemias y alertas de salud pública en enfermedades infecciosas, como se ha demostrado en el reciente brote de virus de la viruela del mono, que se ha podido caracterizar rápidamente, con más de 300 muestras secuenciadas.
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